เนื้อเรื่องในภาคนี้จะเป็นเรื่องราวในอีก 35 ปี หลังจากสงครามครั้งใหญ่ระหว่างโลก และเซนทราดี้(Space War I)จบลง พร้อมกับ ตำนานเสียงเพลงอันลือลั่นของ ลิน มินเมย์ ใน มาครอส ภาคแรก ออกฉายปี 1982 ใน tv series version และ ถูกนำมาตัดต่อใหม่ในรูปแบบของ movie ชื่อว่า Macross the Movie : Do You Remember Love? ออกฉายครั้งแรกในวันที่ 16 ตุลาคม 1994 ความยาวทั้งหมด 49 ตอน มีตอนพิเศษอีก 3 ตอน เรียกว่า Macross7 encore เป็นตอนที่สร้างขึ้นมาแต่ไม่ได้นำออกฉาย โดยเนื้อเรื่องในภาคนี้จะมีการกล่าวถึง Macross ภาคแรกเล็กน้อย โดยเนื้อเรื่องจะอิงกับ Macross the Movie ไม่ใช่ภาค tv series โดยในภาคนี้จะยังคงเอกลักษณ์ของ Series Macross ทุกภาค นั่นคือ สงคราม เสียงเพลง และรักสามเส้าเหมือนภาคก่อนๆ แต่เนื้อหาในภาคนี้เทียบกับภาคก่อนๆแล้ว จะเบากว่าภาคก่อนๆมาก ว่ากันว่าพระเอกภาคนี้ฝีมือการขับวัลคิลี่เก่งที่สุดในMacrossแล้ว

ปี 2045 เดือนตุลาคม ขณะที่กองยานมาครอส7 ( ภายใต้การบัณชาการของแม็กซิมิเลียน จีเนียส ) เดินทางถึง แถบหมู่ดาว " วาโรเตอร์ " แต่ทันใดนั้นสิ่งไม่คาดฝันก็เริ่มขึ้น การโจมตีจากกองยานไม่ทราบสัญชาติ แถมวิธีการจู่โจม ก็ประหลาดโดยการโจมตีด้วยลำแสง สีเขียว เล็งตรงค็อกพิท นักบินที่ถูกลำแสงจะมีอาการเซื่องซึม เสมือนไร้ความรู้สึก หมดสมรรถภาพ อีกด้าน " ไฟร์ บอมเบอร์ " กำลังเปิดการแสดง ทันทีที่บาซาร่าทราบว่าเกิดสงคราม ก็ดิ่งไปกลับไป ยังที่พักนำ VF-19 CUSTOM ที่มีคันบังคับรูปกีตาร์ ออกสู่สนามรบสู้กับยานรบวาโรเตอร์เสมอ แต่โดยไม่ทราบสาเหตุ ศัตรูก็ล่าถอยไป การกระทำของบาซาร่านี้สร้างความไม่พอใจให้กับ กัมริน คิซากิ นักบินมือดีของหน่วย ไดมอนด์ฟอร์ส

ทางด้าน ผ.บ แม็กซ์ ก็มิได้จับ หรือ ลงโทษ บาซาร่า โดยไม่ทราบสาเหตุ ที่ทางแม็กซ์ ไม่ลงโทษบาซาร่า ที่ร้องเพลงกลางสนามรบก็เพื่อทดสอบ VF-19 cm และ ศึกษาว่าเสียงเพลงใช้ในการรบ เช่นเดียวกับสมัยลิน มินเมย์ ได้รึไม่ ? หลังจากนั้นกองยานมาครอส7 ก็ถูก จู่โจมอย่างต่อเนื่อง แต่ไม่ถึงขั้นรุนแรง เนื่องจากฝ่ายศัตรูต้องการทดสอบว่าชาวโลก ( ทั้งมนุษย์ และ เซนทราดี้ ) สามารถฟื้นพลังที่เรียกว่า " สปิริตเทียร์ " ได้รึไม่ ? อาการที่โดนดูดสปิริตเทียร์ จะมีอาการ เซื่องซึม ตาลอย ไม่อยากมีชีวิตอยู่ ปรากฏว่าชาวโลกสามารถฟื้นพลังสปิริตเทียร์ได้ ทางฝ่ายวาโรเตอร์จึงวางแผน ช่วงชิง " CITY 7 " แต่ว่า " BATTLE 7 " ก็เข้ามาขวาง แต่ก็ทำให้ ซิตี้7 โฟล์ด การเคลื่อนย้ายโดยการทำให้เกิดสร้างสนามพลังโยกย้ายด้วยความเร็วเหนือแสง ไปโดยไม่รู้ทิศทาง ทำให้ ซิตี้7 ต้องลอยเขว้งในอวกาศโดยไม่รู้ตำแหน่งของตน ทั้งแบทเทิล7 และ พวกวาโรเตอร์ ต่างก็ออกค้นหาอย่างรีบเร่ง ในตอนนี้ ซิตี้7 ได้จับเชลยชาววาโรเตอร์ได้ ปรากฏว่าเป็นนักบินชาวโลกทีหายสาปสูญไป และถูกควบคุมจิตใจ ( MIND CONTROL )ด้านกีกิล ได้ปลุก " SIVIL " ซึ่งเป็น " PROTO DEVIL " โปรโตเดวิล คือ เผ่าพันธุ์ปิศาจที่มีพลังทำลายล้างสูง สามารถเคลื่อนที่ไปในอวกาศได้อย่างอิสระ และ ดำรงชีวิตโดยการดูดสปิริตเทียร์ของสิ่งมีชีวิตสิ่งอื่นๆ  หลังจาก ชิวิล ตื่นขึ้นก็มุ่งตรงไปหา ซิตี้ 7ฝ่ายแบทเทิล7 ก็ค้นหาซิตี้ 7 พบ  โดยการจับคลื่นพลังเสียง Sound Energyของบาซาร่า  แต่ทันใดนั้น ชีวิล ก็เข้าจู่โจมหน่วยช่วย เหลือของแบทเทิล 7 ที่ส่งมาอย่างราบคาบ ครั้น บาซาร่าขับ VF-19 ออกมา ชีวิลก็มุ่งตรงเข้ามาหาโดยทันที แต่ก็ไม่สามารถ ทำอะไรได้ เพราะมีพลังบางอย่างป้องกันอยู่ ชีวิลเรียกบาซาร่าว่า " อนิมัส สปิริตเทียร์ " เมื่อได้ฟังเพลงบาซาร่าก็ บินหนีไป ทางด้าน กัมริน ที่มากับช่วยเหลือ จำเป็นต้องรับหน้าที่ป้องกัน ซิตี้ 7 แทนหัวหน้าเนื่องจาก ถูกชีวิลดูดสปิริตเทียร์

หลังจากนั้น ซิตี้ 7 ก็พุ่งเข้าหาดวงอาทิตย์เนื่องจากแรงดึงดูดของดวงอาทิตย์ แต่แบทเทิล 7 ก็ตามมาช่วยทันเวลา จากนั้น ก็มีการจัดตั้งหน่วยรบ ระหว่าง ทหาร และประชาชนขึ้นนั่นคือหน่วย " SOUND FORCE " และ " EMERALD FORCE " ขึ้น โดยการควบคุมของ ดร.ชิบะ หลังจาก ด.ร ชิบะ ได้ทำการศึกษาทำให้รู้ว่า โปรโตเดวิล ถ้าได้รับพลังสปิริตเทียร์ ที่สูงมากไป ที่ชีวิล เรียกว่า " อนิมัส สปิริตเทียร์ " ทำให้ ด.ร ชิบะ นำเสียงเพลงของบาซาร่า มาต่อสู้กับ โปรโตเดวิล ทางโปรโตเดวิล โดยการนำของ เกลเบนิช เริ่มแผน " สปิริตเทียร์ ฟาร์ม " โดยต้องการจับกองยานมาครอส7 เกลเบนิช จึงปลุก " กาวิล " และ " กราวิล " ขึ้นมา

อีกด้านกองยานมาครอส 5 ก็ค้นพบดวงดาวที่สามารถอาศัยอยู่ได้ จึง ติดต่อมาหา มาครอส 7

ทางชีวิลที่แฝงตัวเข้ามา โดยการสิงร่างมนุษย์ ปรากฏร่างต่อหน้าบาซาร่า ชีวิลมุ่งเข้าหมายจะดูด พลังของบาซาร่า แบบปากต่อปากจึงทำให้ตัวเองเกิดการบาดเจ็บจนต้องอยู่ในสภาวะจำศีล

มาครอส 7 เดินทางที่ดาวเคราะห์ " LUCK " ดวงดาวที่มาครอส 5ค้นพบ แต่กลับพบว่ากองยานมาครอส 5 ถูกทำลายย่อยยับไปก่อนแล้ว และอยู่ๆ โปรโตเดวิลก็โผล่มาจู่โจมโดยไม่คาดคิด อย่างรุนแรง แต่กองยานมาครอส7 ก็รอดมาได้ เพราะการช่วยเหลือของบซาร่า เคย ทำให้กองยานมาครอส 7 ต้องติดอยู่บนดาวเคราะห์ ลักซ์ ทางบาซาร่า และ กีกิล ( หัวหน้ากองยานฝ่าย วาโรเตอร์ ) ต่างก็ออกตามหาชีวิล และ ก็ พบทั้งสองพยายามจะช่วยชีวิล แต่ก็สายไปหลังจากที่ทาง ผู้พันบาตันแห่ง หน่วยพัฒนาอาวุธ นำยานขน ชีวิล ไป ต่อมากีกิลได้จับมิเรน่าเพื่อเป็นตัว ประกันในการช่วย ชีวิล ในที่สุดชีวิลก็ตื่นแตอยู่ในสภาวะไร้สติ แล้วบินหนีไป ต่อมา บาซาร่าก็ได้ออกติดตาม ชีวิล ด้านโปรโตเดวิล ( ชาววาโรเตอร์ ) ก็ ส่ง กาวิล มาตามล่า กิกิล กับ ชีวิล ที่กระทำการนอกคำสั่ง ด้านมิเรน่า ก็ ออกตามาบาซาร่า เช่นกัน ในที่สุดบาซาร่า และ กิกิล ก็พบชีวิล

และทั้งสองก็ร่วมมือกัน ( ถึงแม้จะไม่ค่อยจะเต็มใจนัก ) ในที่สุด ชีวิล ก็ตื่นขึ้นด้วยเสียงเพลงของบาซาร่า ในตอนนี้กีกิล เริ่มเข้าใจในเสียงเพลง และ ร้องเพลงของบาซาร่าได้  ทำให้ " PROTO CULTER " ที่จมอยู่ใต้ทะเลโผล่ขึ้นมา ทางมิเรน่า และ กัมริน ก็ตามเสียงเพลงมาพบกับ บาซาร่า หลังจากแม็กซ์ทราบว่ามี โปรโตคัลเจอร์โผล่ขึ้นมา ก็ส่งเอคิเซดอนที่ปรึกษา ประจำ แบทเทิล ๗ มาศึกษา ทำให้ทราบความเป็นมาของ โปรโตเดวิล และ วิธีต่อสู้กับโปรโตเดวิล แต่โปรโตเดวิลก็ส่ง กาวิล และ กราวิล มาทำลาย หลังจากนั้น ด.ร ชิบะ ก็ผลิต " SOUND BOOSTER " เพื่อเพิ่มพลังให้ ซาวด์ ฟอร์ส ในที่สุด โปรโตเดวิลก็โจมตี มาครอส 7 ที่ดาวเคราะห์ ลักซ์ มาครอส 7 พยายามจะโฟล์ดหนีแต่ก็ถูก " นัตตี้ บาวโก้ " สะกดไว้ไม่ให้หนี ใกล้ๆกันนั้น กีกิล และ ชีวิล ถูกหมายชีวิต แต่บาซาร่าก็เข้ามาช่วย ตอนนี้กีกิลเองก็เข้าใจ ถึงเสียงเพลง ทำให้สามารถปลดปล่อย สปิริตเทียร์ ได้เช่นเดียวกับ บาซาร่า ตอนนี้ กีกิลสามารถบินได้เองแล้ว  ทันใดนั้น กาวิล ก็ จู่โจมใส่ กีกิล แต่ก่อนที่กีกิลจะสิ้นใจได้ เรียกร่างที่แท้จริงของตน ( เดิมเป็นโปรโตเดวิล ) และปลดปล่อยคลื่นทำลายล้าง จน ดาวเคราะห์ แหลกสลายรวมทั้งตนเองด้วย

แม็กซ์ ได้วางแผนโต้กลับ โดยใช้ชื่อว่า " ปฏิบัติการ สตาร์เกเซอร์ " โจมตีดาววาโรเตอร์ โดยใช้ยานฟรีเกต เดินทางไป การตอบโต้ครั้งนี้ล้มเหลว ทั้งหมดโดนจับกุม รวมทั้ง แม็กซ์ หัวหน้าการปฏิบัติการครั้งนี้ด้วย แต่ก็สามารถหลบหนี ออกมาได้ แล้ว พบกับเชลยกองยานมาครอส5 ถูกกักในเครื่องดูดสปิริตเทียร์ ทั้งนี้ก็ไม่สามารถช่วยเหลือออกมาได้ ทุกคนจึงกลับไปตั้งต้นกันที่ มาครอส7 ใหม่ แต่กาวิลก็ตามกลับมาด้วยโดยการสิงร่าง กัมริน และได้สร้างความปั่นป่วน แก่กองยาน มาครอส 7 อย่างมาก แต่ก็ถูก มิเรน่า และ ซาวด์ฟอร์ส ขับไล่ออกไปได้

และแล้ว เกลเบนิช ก็ส่งโปรโตเดิล " โกลาม " และ " โซมอด " มา และปะทะ กับ ซาวด์ฟอร์ส ทันใดนั้น เชลยของ มาครอส5 ก็ถูกนำออกมา ทำให้ พวก บาซาร่าไม่สามารถทำอะไรได้ พวก กัมริน และ ด็อกก้า วางแผนช่วงชิงเชลย ได้สำเร็จ แล้วจึงจู่โจมด้วย มิซายส์นิวเคลียร์ แต่หยุดยั้งได้เพียงชั่วครู่เท่านั้น ทันใดนั้น โกลาม และ โซมอด ก็ตรง มายัง มาครอส7 แต่บาซาร่าก็เข้ามาขวาง ปลดปล่อยพลัง " SOUND BEAM " ออกมา โกลาม และ โซมอดก็ ปล่อยพลังสู้เช่นกัน ( เหมือน ดรากอนบอล ปล่อยพลังสู้กัน เว่อร์!!! ) ขณะที่ฝ่ายบาซาร่ากำลังเสียเปรียบ ทันใดนั้น ชีวิล ก็โผล่ออกมาช่วย บาซาร่า ไว้จนตัวตาย ด้านบาซาร่า เองเสียใจมากจึงร้องเพลง " MY SOUL FOR YOU " ปฏิกิริยาของร่าง ชีวิล กำลังดูด พลังสปิริตเทียร์ ของบาซาร่าชีวิล ก็คืนชีพ แต่บาซาร่าตกอยู่ในสภาพ ปางตาย ชีวิลโกรธมากมุ่งหน้ากลับไป หมายปลิดชีพเกลเบนิช แต่ก็ไม่สามารถทำอะไรได้ แถมถูกขังอยู่ในผลึกอีก ด้าน มาครอส 7 ก็เริ่มสิ้นหวังเมื่อไร้พลัง สปิริตเทียร์ไร้ขีดจำกัดของ บาซาร่า

เมื่อกองยานมาครอส 7 ไม่มีบาซาร่าอีกต่อไปแล้ว การต่อสู้ครั้งสุดท้ายที่กำลังจะเริ่มขึ้น เกลเบนิชเผยร่างแท้จริงออกมา ( โปรโตเดวิลตัวสุดท้าย ) ออกคำสั่ง ให้ กาวิล ช่วงชิงสปิริตเทียร์ โดยช่วงชิงยานรีสอร์ต ด.ร ชิบะค้นหาวิธีกำจัด โปรโตเดวิล โดยให้ มิเรน่า ปลดปล่อย ซาวด์บาเรีย ให้แก่ " MACROSS CANNON " แล้วยิงใส่โปรโตเดวิล จากนั้นแบทเทิล 7 แยกตัวออกจาก ซิตี้ 7 แล้ว มุ่งตรงไปยังดาว วาโรเตอร์ แล้วทำการจู่โจม โปรโตเดวิล หลังจากโจมตี เกลเบนิช ได้เพียง 3นัด สิ่งที่ไม่คาดฝันก็เกิดขึ้น แกนกลางของ มาครอสแคนนอน เกิดความร้อนสูง จนระเบิด ทำให้ เกลเบนิช โกรธจัด โจมตี แบทเทิล 7 จนพังยับเยิน ทันใดนั้นก็มีปฏิกิริยา โฟร์ด กองยานมาครอส  ตามมาช่วย แบทเทิล 7 แต่ก็ไม่สามารถช่วยอะไรได้มากนัก แถม " VF-11 MAXL " มิเรน่าก็ถูก กราวิล จู่โจมจนเสียหายหนัก เรย์ กับ วิฮีด้า จึงเข้ามาช่วยไว้ ( แถมมี ซาวด์ บาเรีย ด้วย ) มิเรน่าจึงรีบรุดไปที่โรงพยายาลเข้ามาหา บาซาร่า พยายามปลุกแต่ก็ ไม่เป็นผล จากนั้นก็มีเสียงร้องเพลงมาจากข้างหลัง มิเรน่า นั่นคือ กัมริน นั่นเอง นอกจากนี้เสียงดังสนั่นจากด้าน นอกโรงพยาบาล ทุกคนร่วมร้องเพลงเพื่อปลุก บาซาร่า และแล้ว บาซาร่า ก็ตื่นขึ้นสร้างความดีใจให้กับทุกๆคนมาก ภายนอกยาน มาครอส 7 ยิ่งตรึงเครียด " VF-22S " ของแม็กซ์กับมิเรีย ก็ร่วมมือกันโจมตี เกลเบนิช เพียงแค่สกิด สเกา เกลเบนิชเท่านั้น ตอนนี้ เกลเบนิช ดูดพลังสปิริตเทียร์ไม่เลือกไม่ว่าฝ่ายตนหรือฝ่ายชาวโลก ทันใดนั้น VF-19 CUSTOM ก็โผล่มามุ่งตรงเข้าหา เกลเบนิช แต่สุดท้ายสิ่งมีชีวิตบนดาว วาโรเตอร์ ก็ถูกดูดสปิริตเทียร์ จนหมด ทางด้านชีวิลที่ถูกขังอยู่ก็ เริ่มจะเข้าใจเสียงเพลง ขณะที่บาซาร่ารู้สึกตัว ระเบิดพลัง สปิริตเทียร์ทำให้ ทุกคนรู้สึกตัว แล้วทิ้งดิ่งตรงมาหา เกลเบนิช แต่ยังไม่ถึงตัว เกลเบนิช VF-19 CUSTOM ก็แหลกเป็นชิ้นๆ ทันใดนั้น ชีวิลก็เข้ามาช่วย บาซาร่า ไว้แล้วพุ่งตรงมาโจมตี เกลเบนิช แต่ก็ไร้ผล

ชีวิลหันไปมอง บาซาร่า ชีวิลจึงเข้าใจว่า พลังอนิมัสสปิริตเทียร์ คืออะไร ? จึงหันมาร้องเพลงร่วมกลับ บาซาร่า ทำให้ก่อเกิดพลังสปิริตเทียร์มหาศาล ในที่สุด เกลเบนิช เองก็เข้าใจเสียงเพลง และทำลายพลังปีศาจทั้งหมด ออกไป เกลเบนิชจึงยอมแพ้แล้วจากไป ชีวิลเองก็ตามไป แต่ก่อนไปทั้ง บาซาร่า และ ชีวิล ต่างก็มองตาซึ่งกันและกัน ทั้งสองเข้าใจว่าทั้งคู่รู้สึกต่อ กันอย่างไร แต่ก็ต้องจำใจจากกัน " บาซาร่า ฉันจะไม่ลืมเธอ และ เพลง ของเธอตลอดไป " และชีวิลก็บินจากไป แสงอาทิตย์ยามรุ่งอรุณก็สาด แสงมา ทุกคนปลอดภัยแล้วการต่อสู้ก็จบลง ทุกหน่วยตรวจสอบความ เสียหาย และ ซ่อมแซมเตรียมการออกเดินทางครั้งใหม่ต่อไป

นอกจากนี้ มาครอสยังเป็นชื่อเรียกของยานรบหลักระดับใหญ่ที่สุดของซีรีส์อีกด้วย